Program Studi Magister Bimbingan dan Konseling (BK) Program Pascasarjana (PPs) Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) diusulkan oleh Rektor UNY ke Dikti pada tanggal 26 April 2005, dan telah terbit Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor. 075/P/2014 tertanggal 5 Maret 2014 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Bimbingan dan Konseling (S-2) pada UNY yang ditanda tangani Sekretaris Jenderal Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia. Berdasarkan keputusan terebut maka UNY mulai menyelenggarakan Program Studi Magister Bimbingan dan Konseling PPs UNY pada tahun 2014. Program diselenggarakan terbuka untuk umum yang ingin memperoleh pengalaman belajar dan mengembangkan profesi bimbingan dan konseling serta ingin meningkatkan kualifikasi akademik ke jenjang Magister atau jenjang strata dua (S-2) kependidikan dalam bidang bimbingan dan konseling.